Con updates, siempre existe un cierto riesgo. Pero en general, no deberia passar nada. Importante es siempre hacer backups regularmente y especialmente antes de un update.
Limesurvey oferece el "Comfort Update", que ayuda el update, pero cuesta dinero. Creo que existe una versión de test que puedes usar 1 mês gratuitamente:
community.limesurvey.org/comfort-update-extension/
De qualquer manera, updates manuales todavia se puede hacer como siempre.
En general es recomendable de hacer updates durante una epoca con poco trafico. Hay que planejar un poco. Especialmente de una version para la otra (2.7x --> 3.x) tomaria un poco mas de cuidado con eso. De 3.1 para 3.2 no tanto.
Entonces yo miraria quando hay una epoca donde hay pocas encuestas. As vezes da para empezar con la próxima un poco mas tarde. O unos dias despues del envio de las invitaciónes la participación normalmente baja bastante. Eso es un buen tiempo para hacer un update en horas cuando poca gente responde (muy temprano por la mañana, tarde por la noche o el fin de semana son normalmente tiempos cuando no hay tanto trafico, pero cuando haces encuestas internacionales con personas con diferentes horários eso puede ser mas dificil).
Pero eso no puede ser una disculpa para no hacer updates, porque como lo ves, si vas por eso, nunca vas a hacer un update.
Un dia hay que tomar la decision, pronto.
El comfort update es una manera comfortable de hacer los updates con pocos clicks y eso normalmente ayuda en dejar LS actualizado, ya que un update consiste de unos 5 clicks, nada mas).