Claro que se puede modificar el código fuente. Está ahí, abierto para todos, si usas la version Limesurvey CE instalado en tu proprio servidor.

Pero que quieres decir con que no encunetras el "index principal"? Limesurvey tiene varios arquivos, vas a tener que buscar donde está lo que quieres modificar.

Pero cuidado! Cada update puede cambiar tus modificaciónes.

Que quieres cambiar en Limesurvey? Quizas hay una forma mas fácil.