El problema es el limite de columnas de MySQL y la forma como Limesurvey salva los resultados en la base de dados (tipo "flat").
Seria bueno hacer una estimativa de quantas columnas tu encuesta mas o menos necesita, para ver si esto es el problema.
Todas las preguntas con respuesta unica necesitan solo una columna. Ahora preguntas que tienen "subquestions" geneneralmente necesitan mas de una columna.
Por exemplo, una pregunta del tip Matriz/Array normal necesita 1 columna por sub pregunta. Lo mismo con preguntas del tipo multipla respuesta.
Ahora una matriz con cajas de texto/numeros necesita tantas columnas como tiene cajitas.
Una matriz del tipo texto con 10 sub preguntas y 10 possibles respuestas ya necesita 100 columnas.
El limite de columnas depende un poco de la SQL engine usado y tambien del tipo de dados de cada pregunta, pero está entre 1000 y 1500 preguntas. Com muchas perguntas de multipe respuesta y matrizes grandes vas a llegar al limite bastante rapido.
Tan bueno que el formato "flat" del la base de dados es cuando pensamos en la exportación de dados, tan malo es en terminos de llegar a los limites de MySQL.
Actualmente, si realmente es esto el problema (que parece de ser), la unica solucion que veo es separar la encuesta en dos e conectar les con el "End URL". En muchos casos, esto va a funcionar muy bien, pero tiene algunas desventajas: no puedes volver a la primera encuesta una vez que has movido a la segunda. O tambien, si necesitas acessar respuestas anteriores no lo consigues hacer cuando la respuesta es de la primera encuesta y ya estas en la segunda (si son pocas, puedes passarlas para preguntas escondidas, pero si son muchas, queda complicado).
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