Alguien sabe como hacer una entrada de matriz múltiple, es decir en el un eje por ejemplo atributos y en el otro eje marcas y que me permita seleccionar de cada atributo varias marcas en una sola pregunta

Saludos y gracias

Da un vistazo a la Matriz de números (no sé como está traduzido en el GUI en español, solo uso en Ingles). Hay la opcion de hacerlo en un modo de respuestas multiples.
www.limesurvey.org/manual/Question_types#Array_.28Numbers.29