Me autorespondo
Efectivamente, el problema era que la variable Q2 es Matriz(números), cambiando en la instrucción que ha contestado Joffm, las "Y" por "1", funciona a la perfección.
Quedaría la instrucción en la variable de tipo Ecuación de la siguiente manera:
{Q3_H1=if((Q2_H1_1=="1") OR (Q2_H1_5=="1") ,1,2)}
{Q3_H2=if((Q2_H2_1=="1") OR (Q2_H2_5=="1") ,1,2)}
Un saludo