Baixei uma nova versão do Lime (Versão 3.23.7+201006), e elaborei recentemente um questionário novamente aos 399 municípios
Bom, esta versão já tem mais de 6 meses, tão recente não é. Recomendo um update para a mais recente versão de LS 3.x (não instale LS 4.x ainda!).
Só que agora nesta versão, consultando os Registros, verifiquei (se é que entendi corretamente) que, a medida que o município vai acessando o questionário, o LimeSurvey vai versionando o questionário do mesmo município, criando vários IDs a cada acesso ao questionário.
Isso depende das configurações que você fez para este estudo.
Imagino que você está usando tokens, certo?
Quais são as configurações? Acho que na situação descrito você vai querer usar "token based response persistence". Não sei como se chama em Portugues, porque uso o interface em Ingles. Mas deveria ser algo como "Persistencia de respostas baseada em tokens" ou algo.
Esta configuração faz que clicando no link com o token a pessoa vai voltar no mesmo lugar do questionario onde parou.
Se não tem isso, Limesurvey vai criar uma nova linha na base de dados até o cuestionário seja completado. Desde ai não pode ser usado mais este token.